El grupo de investigación de Microbiología Ambiental se originó , en 1998, a partir del antiguo Departamento de Microbiología. El origen de este último es oscuro. Se asume que durante la formación del Centro de Investigaciones Biológicas de Baja California Sur a fines de 1970 y principios de 1980 (el predecesor del actual CIB), el Departamento evolucionó como un departamento de microbiología general a partir de algunos microbiólogos que formaban parte del joven centro de investigaciones (en el desierto y muy lejos de la Ciudad de México). En aquel tiempo el Departamento se involucro en numerosos proyectos de investigación a pesar de su reducido personal.
En 1990 el Departamento de Microbiología fue reestructurado, limitando el número de áreas de investigación a unas pocas y haciendo de las "Interacciones Planta- microorganismos" el tema principal de investigación. Durante los siguientes 15 años, el énfasis en los proyectos fue cambiando de microbiología agrícola a microbiología ambiental (visite nuestra sección de proyectos). En enero de 1998, la estructura departamental del CIB fue disuelta por una nueva administración y a los investigadores se les dio la libertad para asociarse entre ellos mismos o ser "estrellas individuales" trabajando solitarias (una opción que la
mayoría del personal prefiere).
Una de estas asociaciones voluntarias fue la del grupo de "Microbiología Ambiental"; en 1999 y después de varios cambios de personal, el voluntario grupo de "Microbiologia Ambiental" se consolidócom tal. Desde el año 2001, el grupo acordó trabajar con los mismos objetivos y compartir sus recursos financieros y equipos, sin embargo el grupo no tenia, oficialmente, unas instalaciones.
En el 2007, despues de una reestructuracion mayor de la administracion del CIBNOR, una nueva forma de organización evolucionó: La "Línea de Investigación Estratégica", cada una con miembros e instalaciones permanentes y cada uno formalmente asociado a uno de los cuatro temas de investigación del Instituto. Por consiguiente, el Grupo de Microbiologia Ambiental cambio oficialmente su nombre a "Linea de Investigación Estratégica #6 - Microbiologia Ambiental" fromando parte del progrma institucional "Planeación y conservación". Desde el 2009 el grupo tiene seis miembros permanentes (Investigadores y Técnicos) y anualmente, una variedad de al menos 19 alumnos de posgrado graduados, posdoctorados, investigadores en año sabatico y algunos técnicos temporales.
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